La loi du 14 avril 2006 réformant les parcs nationaux accorde une large place aux élus et aux autorités coutumières au sein du conseil d’administration. C’est l’instance décisionnelle qui définit la politique du Parc et vote le budget de l’établissement public gestionnaire. Il est composé de 44 membres de droit et nommés sur décision ministérielle, répartis dans trois collèges : le collège des représentants de l’Etat (10), le collège des représentants des collectivités territoriales et des autorités coutumières (17) et celui des personnalités qualifiées dont un représentant du personnel (13).
Le conseil d’administration du Parc amazonien est installé le 12 mars 2007 par Nelly Olin, Ministre de l’Ecologie et du Développement durable, lors de sa visite en Guyane. Une séance d’installation qui s’est conclue par la signature du « Protocole d’accord sur un plan d’accompagnement du parc amazonien ». Mais c’est au cours de sa première séance de travail (16 avril), à la Chambre de Commerce et d’Industrie de la Guyane que le conseil a désigné son président et ses vice-présidents. Hermann Charlotte, maire de Saül, est élu président. Claude Suzanon, représentant des associations de protection de la nature est élu premier vice-président et Joseph Chanel, maire de Camopi, obtient le poste de deuxième vice-président.
A noter que le conseil d’administration est assisté par deux organes consultatifs. Le conseil scientifique pour les questions relatives à la gestion du Parc (réglementation et activités ayant un impact naturel et culturel) et du comité de vie locale, compétent en matière économiques, sociales et culturelles.